U.C.0105，馬沙之反擊的12年後——。

為反抗實施高壓統治的地球聯邦政府，「馬法狄」以暗殺政府高官的方式展開鬥爭。其領袖的真正身分，正是曾在一年戰爭與阿寶・尼爾並肩作戰的布拉度之子，凱薩衛・諾亞。哈薩威因神秘少女吉吉·安達魯西亞展現的奇異力量而回想起過去的創傷。在她的言語影響下，他一邊動搖，一邊準備馬夫提的行動——襲擊阿德萊德會議。

聯邦軍的肯尼斯·斯雷格在準備自己策劃的阿德萊德會議防衛作戰及殲滅馬夫提的行動時，受到刑事警察機構的漢德利·約克桑提出的秘密協議。

在哈薩威與肯尼斯各自為目標行動的同時，吉吉也為了自己的使命前往香港。

第二次新自護戰爭（馬沙之反擊）事隔12年。

　U.C.0105——。腐敗的地球聯邦政府不但加速了地球的污染，甚至推行強制將平民驅逐至宇宙的非人道政策「人類狩獵」。

　為此，反地球聯邦政府運動「馬法狄」以暗殺聯邦政府高官等激烈行為展開反抗。其領袖名為「馬法狄・納比尤・艾琳」，真正身分是曾參與一年戰爭的聯邦軍上校布拉度・諾亞之子——「凱薩衛」。

　凱薩衛繼承了阿寶・尼爾與馬沙・亞斯洛布的理念、理想和意志，本欲作為戰士開闢自己的道路，然而與聯邦軍上校堅尼斯・斯萊格及神秘美少女琪琪・安塔露茜雅的相遇，卻徹底改寫了他的命運。